En el año 1884 Rafael Núñez fue escogido para su segundo periodo presidencial, y con él se inicia el periodo que se conoce como Republica o Hegemonía Conservadora que es: cuarenta años de Gobierno Conservador en un estricto centralismo en la política, en el cual está de acuerdo el Estado y la iglesia y la libertad de prensa y las libertades individuales son limitadas. Este periodo va desde 1884 hasta 1930.   Los hechos más importantes de este periodo fueron: Se originó la Guerra de los Mil Días. Se perdió a Panamá. Se inauguró La Escuela Militar y La Escuela Naval (1907) Se cerró el congreso y se creó La Asamblea Nacional Constituyente de  1910. Se estableció el servicio militar obligatorio. Se construyo El Capitolio Nacional. Se hizo un censo (1918) que dio 5.855.077 habitantes. Se creo el Banco de la Republica y la Contraloría General. Se desarrollo el Sistema Ferroviario del país.